Dược liệu còn là nguồn hàng xuất khẩu quan trọng của nước ta, nhu cầu của thị trường các nước hằng năm cần khoảng 500 tấn sa nhân, 5.000 - 6.000 tấn vỏ quế,  hàng nghìn tấn long nhãn. Nguồn dược liệu của chúng ta hằng năm có thể cung cấp đạt doanh thu hàng nghìn tỷ đồng, trong đó dược liệu tham gia xuất khẩu có thể từ 20 đến 50 triệu USD, với khối lượng 5.000 - 10.000 tấn.

Traphaco đã tiến hành cổ phần hóa năm 1999, nhằm tạo sức sống mới cho xí nghiệp để nâng cao năng lực sản xuất dược phẩm, đủ sức cạnh tranh trên thị trường. Sau bảy năm cổ phần hóa, quy mô đầu tư sản xuất lớn lên không ngừng và các chỉ tiêu lợi nhuận, nộp ngân sách đạt mức cao. Tốc độ tăng trưởng trung bình 30-35%/năm.

Công ty đã liên doanh liên kết các doanh nghiệp địa phương giàu tiềm năng dược liệu. Công tác chế biến dược liệu được thực  hiện chủ yếu tại Hải Dương, Bình Lục (Hà Nam), Sa Pa (Lào Cai), Cao Bằng... nhằm bảo đảm chất lượng dược liệu, giảm giá thành do giảm chi phí vận chuyển, chi phí nhà xưởng, chi phí nhân công, giải quyết việc làm cho người dân địa phương. Vùng trồng dược liệu tại Sa Pa đã đi vào ổn định, chủ động nguồn dược liệu đầu vào, chất lượng và tiêu chuẩn dược liệu được kiểm soát tốt nhằm xây dựng GMP thuốc từ dược liệu.

Kinh nghiệm của các hãng dược phẩm dẫn đầu đều dựa trên sự thành công của công tác nghiên cứu phát triển. Ðội ngũ cán bộ làm công tác nghiên cứu và phát triển của Traphaco là 42 người (trong đó có bảy thạc sĩ dược học, 22 cán bộ đại học và 12 giáo sư, tiến sĩ, tiến sĩ khoa học là cố vấn và cộng tác viên thường xuyên). Ngân sách đầu tư cho nghiên cứu triển khai trung bình 5,5% tổng doanh thu hằng năm. Trong 5 năm gần đây, công ty đã đưa ra thị trường hơn 200 sản phẩm, trong đó số sản phẩm từ dược liệu chiếm 42% (chiếm 72-75% doanh thu hàng sản xuất trung bình hằng năm).

Công ty đã hợp tác rộng rãi với các nhà khoa học, các tổ chức nghiên cứu như: Trường đại học Dược Hà Nội, Học viện Quân Y, Ðại học Y Hà Nội, Ðại học Y Thái Nguyên, các bệnh viện Bạch Mai, Hữu Nghị, T.Ư Quân đội 108, Quân y 103, Viện Y học cổ truyền Việt Nam, Viện Sốt rét ký sinh trùng côn trùng trung ương, Viện Kiểm nghiệm thuốc trung ương, Viện Dược liệu, Viện Hóa học công nghiệp, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hóa học các hợp chất tự nhiên (thuộc Trung tâm khoa học tự nhiên và công nghệ quốc gia), v.v.

Bằng cách trực tiếp, gián tiếp, các sản phẩm dược liệu của Traphaco được nghiên cứu bằng tri thức mới và công nghệ tiên tiến. Từ thông tin dược học dân tộc đồng bào miền núi phía bắc uống lá chè dây đã sao để chữa đau bụng có ợ chua, các nhà khoa học Việt Nam nghiên cứu trong 10 năm để đưa ra chế phẩm viên nang Ampelop dùng đơn độc hay phối hợp kháng sinh điều trị bệnh viêm loét dạ dày tá tràng. Công trình nghiên cứu thuốc Cadef kéo dài trong 20 năm đã giúp các tác giả thành công từ mô hình gây ung thư thực nghiệm trên súc vật đến đánh giá lâm sàng hoàn chỉnh chế phẩm hỗ trợ điều trị ung thư hoàn toàn từ dược liệu. Các nhà Sinh vật biển nghiên cứu sâu về hải sâm, rắn biển, cá ngựa, dầu cá... đã chứng minh giá trị chữa bệnh cao của các dược liệu biển này. Nghiên cứu hải miên, sứa, san hô, thủy tức... và các sinh vật biển khác hứa hẹn phát hiện hợp chất thiên nhiên mới làm thuốc. Tiềm năng dược liệu biển Việt Nam đang mở hướng đi mới trong phát triển thuốc.

Với các dược liệu thu hái từ nguồn mọc hoang như: ích mẫu (Cao Bằng), chè dây (Cao Bằng, Sa Pa - Lào Cai, Hà Giang), nụ vối, hoa ngâu (trung du)... vốn bảo đảm yếu tố "sạch", không chỉ có kế hoạch tái tạo, bảo tồn mà cần hướng dẫn người dân kỹ thuật thu hái, sơ chế, chế biến, bảo quản theo công nghệ sạch. Các sản phẩm phát triển từ những dược liệu này đều đạt tiêu chuẩn thực phẩm an toàn của châu Âu khi tham gia hội chợ Vitafood tại Thụy Sĩ (2002), Hội chợ Thương mại sinh học tại Ðức (2006).

Các dược liệu nuôi trồng như actiso, bạch chỉ, cúc hoa, ngưu tất,  đương quy... áp dụng kinh nghiệm canh tác tự nhiên, chuyển giao công nghệ mới cho người dân trồng trọt tại các địa phương. Mô hình phát triển actiso tại Sa Pa (Lào Cai) thu được kết quả rất đáng khích lệ.  Hằng năm Traphaco cần hơn 500 tấn dược liệu actiso cho nhu cầu sản xuất các sản phẩm  trà dưỡng sinh, viên bao Boganic giải độc gan.

Tiêu chuẩn hóa công tác chế biến và xây dựng quy trình chế biến cho từng dược liệu có thể áp dụng quy mô công nghiệp là việc làm cần thiết. Với phương châm áp dụng công nghệ mới song song với phát huy bản sắc cổ truyền, công ty đã đầu tư thiết bị, công nghệ chế biến và triển khai nhiều đề tài nghiên cứu về lĩnh vực này. Phụ tử là vị thuốc quý nhưng có  độc tính cao, công ty đã hợp tác với các nhà khoa học nghiên cứu chế biến phụ tử, thu được chế phẩm an toàn, hiệu quả, có tác dụng cường tim. Chiết xuất và tinh chế hoạt  chất trong dược liệu nhằm tạo ra các sản phẩm cao cấp, nâng cao hiệu lực chữa bệnh đối với các dược liệu đã được nghiên cứu kỹ lưỡng như chè dây, actiso, hà thủ ô đỏ, tam thất, ích mẫu, đinh lăng.. hoặc ngay cả với bài thuốc như sinh mạch ẩm, đan sâm tam thất. Tiêu chuẩn của dược liệu, bán thành phẩm, thành phẩm từ dược liệu không ngừng được hoàn thiện, bổ sung các phương pháp mới hiện đại nhằm đánh giá chính xác chất lượng sản phẩm.

Công ty đã và đang triển khai công tác đánh giá hiệu quả lâm sàng của các sản phẩm dược liệu bằng cách triển khai các đề tài thử lâm sàng tại bệnh viện. Các kết quả nghiên cứu cho thấy các sản phẩm trên đều cho hiệu quả cao trong điều trị. Có thể khẳng định Traphaco là mảnh đất tốt triển khai thành công nhiều sản phẩm mới của các nhà khoa học các trường đại học và các viện nghiên cứu, đặc biệt các sản phẩm dược liệu. Việc Nhà nước giao cho Traphaco một số đề tài, dự án nghiên cứu là đúng địa chỉ.

Với tài nguyên dược liệu phong phú, với nền y - dược học cổ truyền có truyền thống nhưng chúng ta chưa làm được một dược liệu nào nổi tiếng như "sâm Cao Ly" Hàn Quốc, "sâm Cát Lâm", "tam thất Văn Sơn" Trung quốc... Liệu "sâm Ngọc Linh", "hoa  hòe Thái Bình", "chè dây Sa Pa", "thanh hao hoa vàng Việt Nam",... có trở thành thương hiệu nổi tiếng hay không? Câu hỏi rất đáng cho những người làm công tác dược liệu phải suy nghĩ. Việc xây dựng, quảng bá thương hiệu "Dược liệu Việt Nam" là một sự đầu tư làm tăng giá  trị của hàng hóa, để  thương hiệu đó tỏa sáng và là niềm tự hào Việt Nam. Sau một quá trình xây dựng công phu, đăng ký bảo hộ quốc gia, quốc tế, quảng bá bền bỉ thông qua sản phẩm và dịch vụ của mình, thương hiệu Traphaco được tín nhiệm, nổi tiếng là thương hiệu của các sản phẩm từ dược liệu Việt Nam không chỉ ở trong nước mà cả trên thế giới. Hiện Traphaco sở hữu 10 bằng độc quyền giải pháp hữu ích và  độc quyền kiểu dáng công nghiệp, ba tên thương mại và hơn 100 nhãn hiệu hàng hóa thuốc từ dược liệu. Thương hiệu Traphaco không chỉ đăng ký bảo hộ tại Việt Nam mà còn được đăng ký bảo hộ tại nhiều nước trên thế giới như Nhật Bản, Mỹ, Australia, Lào, Thái-lan, Singapore,v.v.

Hiện công ty đã xuất khẩu được một số sản phẩm từ dược liệu (Hoạt huyết dưỡng não, Boganic, sáng mắt, Hà thủ ô, Artemether...) sang các nước SNG, châu Phi, châu Á.