Kết quả lớn nhất trong chuyển dịch nông nghiệp là chuyển dịch trong nội bộ ngành trồng trọt. Trong cơ cấu cây trồng, diện tích và sản lượng các cây có giá trị cao như rau, khoai tây, dưa các loại, hành, tỏi, cà chua, hoa… tăng nhanh và đang dần hình thành các  vùng sản xuất hàng hoá tập trung (thành phố Bắc Ninh, Quế Võ, Từ Sơn, Tiên Du…) phục vụ cho công nghiệp chế biến và xuất khẩu. Cơ cấu giống cũng có thay đổi tích cực góp phần nâng cao năng suất, sản lượng và chất lượng sản phẩm. Cây lúa đã được gieo cấy chủ đạo bằng lúa thuần Trung Quốc, luá Lai… Năng suất lúa tăng từ 39,3 tạ/ha năm 1997 lên 54,8 tạ/ha năm 2006. Các cây ngô, đậu tương, lac… cũng dần thay thế các giống cũ bằng các giống mới, giống nhập ngoại năng suất cao và chất lượng tốt hơn. Cơ cấu mùa vụ đã chuyển đổi rõ nét, hầu hết các huyện không còn lúa muộn cấy bằng các giống cũ, dài ngày, năng suất thập.

Trong chăn nuôi: Chăn nuôi lợn, gia cầm theo phương thức bán công nghiệp, công nghiệp quy mô vừa và lớn đang dâng thay thế chăn nuôi kiểu truyền thống, quy mô nhỏ. Phương thức này thực sự đã tạo thuận lợi cho áp dụng tiến bộ kỹ thuật, giảm thiểu dịch  bệnh, rút ngắn chu kỳ sản xuất, nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm trên địa bàn. Toàn tỉnh có hàng ngàn hộ nuôi từ 20 đầu lợn, 500 – 1.000 con gia cầm trở lên. Chăn nuôi bò trước đây chủ yếu sử dụng làm sức kéo phục vụ sản xuất trồng trọt, đến nay đã chuyển sang kết hợp tăng gia lấy thịt và sức kéo. Ngoài ra, tỉnh còn có chính sách khuyến khích một số hộ bước đầu tư vào chăn nuôi một số vật nuôi mới như: Đà điểu, ong lấy mật…

Trong 10 năm qua, mặc dù quy mô tổng đàn bò, lợn, gia cầm tăng không nhiều nhưng sản lượng sản phẩm chăn nuôi đã tăng gấp 3 lần. Nhiều sản phẩm chăn nuôi của Bắc Ninh như: thịt gia súc, gia cầm, trứng các loại… không những đáp ứng đủ  nhu cầu tiêu dùng trong tỉnh, mà còn cung cấp một lượng hàng hoá không nhỏ cho thủ đô Hà Nội và các tỉnh lân cận.