Nhưng vì lâu năm ngôi đền đã bị hư hại, vào thời Nguyễn triều vua Thành Thái ngôi đền được trùng tu tôn tạo. Khi ấy, ngôi đền gồm 2 tòa kiểu chữ Nhị: Tiền tế 3 gian, hậu cung 3 gian; bộ khung gỗ lim, mái ngói, chạm khắc trang trí nghệ thuật và còn để lại dấu ấn là bức cửa võng chạm lộng đề tài “Phù dung và chim trĩ” với nét chạm tinh xảo, mang phong cách nghệ thuật thời Nguyễn, cũng từ thời vua Thành Thái đến nay, đền nhiều lần được tu bổ tôn tạo. Năm 1998, nhân dân địa phương đã cùng nhau quyên góp xây dựng lại ngôi đền với quy mô khá lớn, kiên cố, vững chắc. Đó là tòa nhà hai tầng với các lớp mái đao cong uốn lượn duyên dáng. Tầng một dùng làm nơi tiếp khách trong những ngày sự lệ. Tầng hai là nơi thờ phụng tôn nghiêm Đức Thánh Trần Hưng Đạo. Tầng này được dựng thành 3 cung theo kiểu chữ tam, bộ khung gỗ lim chạm khắc trang trí đẹp. Đến nay, đền thờ Trần Hưng Đạo trên phố Hàng Mã, phường Tiền An vẫn còn bảo lưu được nhiều cổ vật quý hiếm như: sắc phong, chuông đồng, hoành phi, câu đối, tượng thờ là những di sản văn hóa quý giá. Đặc biệt bức hoành phi treo trong hậu cung chạm nổi 4 chữ Hán lớn “Trần triều hiển Thánh” bên cạnh có dòng niên đại “Thành Thái ất Tỵ” (1905) và đôi câu đối cổ: “Phá Nguyên Mông bảo quốc an dân sơn thủy trường lưu trung dũng tướng/Phù Đại Việt trừ tà diệt ác miếu đình vĩnh phụng phúc lương Thần” (Tướng trung dũng đánh Nguyên Mông giữ nước yên dân lưu truyền mãi với non sông/Thần linh thiêng trừ tà diệt ác giúp Đại Việt muôn thuở nơi đền miếu), đã phản ánh khá rõ về người được thờ là Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn.

 Sử sách ghi lại, giặc Nguyên Mông ba lần kéo quân sang xâm lược nước ta vào các năm 1258, 1285, 1288. Nhưng dưới sự lãnh đạo của Quốc Công Tiết Chế Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn, quân dân Đại Việt đã đoàn kết một lòng đánh bại ba lần xâm lược của chúng. Với cương vị là Tổng chỉ huy quân đội, Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn không những là một bậc thiên tài về quân sự, mà còn là một nhà chính trị đại tài, nhà ngoại giao kiệt xuất.

 Trên cương vị Tổng chỉ huy quân đội Đại Việt đánh giặc, ông đã viết các sách “Binh thư yếu lược”, “Vạn Kiếp tông bí truyền thư”, “Hịch tướng sĩ” để động viên và khích lệ lòng yêu nước, ý chí chiến đấu của quân dân. Ông luôn biết trọng người tài, thương yêu binh lính, kẻ yếu hèn, nên quân dân cùng kính phục yêu mến tài đức của ông, cả nước thành một khối thống nhất đoàn kết một lòng để đánh giặc và đã 3 lần đánh lui quân xâm lược Nguyên Mông.

 Với chiến thắng vĩ đại của quân dân Đại Việt trước sự xâm lược của đế quốc Nguyên Mông, tên tuổi và công lao của Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn đã được sử sách ca ngợi, nhân dân nhiều nơi lập đền thờ và thường gọi là “Đức Thánh Trần” hay đền thờ “Trần Hưng Đạo”. Ngày nay, dân tộc ta đã tôn vinh Trần Hưng Đạo là anh hùng dân tộc và thế giới đã tôn vinh ông là danh nhân quân sự thế giới.

 Như vậy, đền thờ Trần Hưng Đạo ở phố Hàng Mã, khu phố 5, phường Tiền An, thành phố Bắc Ninh là nơi thờ phụng tôn vinh bậc anh hùng dân tộc, danh nhân thế giới và đây là một trong những di tích tiêu biểu của nền văn hiến tỉnh Bắc Ninh.