Theo đó, Đề án đã chỉ ra 4 nguyên tắc đổi mới, thực hiện quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp. Cụ thể như sau:
Bảo đảm quyền tự do kinh doanh của doanh nghiệp, phù hợp với yêu cầu phát triển kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, với phát luật trong nước và thông lệ quốc tế.
Thực hiện quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp bằng phát luật, tăng cường hiệu lực, hiệu quả công tác điều tra, giám sát của Nhà nước.
Trách nhiệm quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp phải được phân định rõ ràng gắn với chức năng, nhiệm vụ của từng cơ quan quản lý nhà nước cụ thể. Các cơ quan nhà nước quản lý doanh nghiệp theo từng lĩnh vực hoạt động, kinh doanh của doanh nghiệp. Đối với doanh nghiệp kinh doanh đa ngành, đa nghề thì chịu sự quản lý của nhiều cơ quan nhà nước, mỗi cơ quan chịu trách nhiệm quản lý hoạt động của doanh nghiệp trong từng lĩnh vực chuyên ngành tương ứng.
Quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp cần gắn với hoạt động giám sát doanh nghiệp của các chủ thể khác, khuyến khích, phát huy vai trò kiểm tra, giám sát nội bộ doanh nghiệp. Đồng thời, kiểm tra giám sát chủ nợ, bạn hàng của các hiệp hội, xã hội và cộng đồng đối với hoạt động của doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, Đề án đưa ra những giải pháp ngăn chặn tình trạng vi phạm pháp luật của doanh nghiệp, trong đó tập trung vào 3 giải pháp chủ yếu: nhóm giải pháp đổi mới mô hình giám sát doanh nghiệp sau đăng ký thành lập theo hướng phát huy vai trò của xã hội và của các chủ thể khác nhằm hỗ trợ Nhà nước trong quản lý, giám sát doanh nghiệp; nhóm giải pháp đổi mới công tác xây dựng pháp luật doanh nghiệp; nhóm giải pháp nâng cao hiệu quả, hiệu lực của bộ máy quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp sau đăng ký thành lập.